Der er fire skoler i Maniitsup kommune under skoleforvaltningen. Et i selve byen og en i hver af de 3 bygder.

Atuarfik Kilaaseeraq , Kangaamiut atuarfiat, Napasup Atuarfia og Atammiup Atuarfia.

Ledende skoleinspektør er placeret i Atuarfik Kilaaseeraq og Kagaamiut Atuarfiat. Der er skoleledere i Napasoq og Atammik.
Alle fire skoler har skolebestyrelser, 9 medlemmer i Atuarfik Kilaaseeraq; 5 forældrerepresentanter, 2 fra lærerne og 2 fra eleverne.
I de øvrige skoler i kommunen er der 5 medlemmer; 3 fra forældrerepresentanter 1 fra lærerne og 1 fra eleverne.

Der er fritidsundervisning i alle skolerne.
Der findes et kollegium i Maniitsoq under skoleforvaltningen, hvor der plads til 20 elever fra bygderne.